Pesawat yang dikendalikan oleh Trigana Air telah terlibat dalam 14 insiden yang teramat serius, 10 di antaranya mengakibatkan kehilangan kapal . [11]
Pada Tarikh 21 April 2002, sebuah pesawat Trigana Air siri Antonov An-72, yang terdaftar sebagai ES-NOP, telah menjalankan perkhidmatan kargo sewaan dari Bandara Sentani, Jayapura ke Bandara Wamena, Wamena. Pesawat itu membawa 4 orang, seorang juruterbang Lithuania, seorang juruterbang Estonia, seorang Jurutera Penerbangan Rusia, dan seorang Master Beban (Kewarganegaraan belum ditentukan). Semasa mendarat di Wamena, petak depan Antonov An-72 tiba-tiba terbakar. Semua kapal selamat dipindahkan dari pesawat dengan selamat. [12]
Pada Tarikh 25 Mei 2002, sebuah pesawat siri de-Havilland Canada DHC-6 Twin Otter yang mendaftar PK-YPZ jatuh dalam hujan lebat sambil membawa bekalan ke bandar tempatan. Keempat-empat penumpang dan kedua-dua anak kapal kehilangan nyawa mereka. [13]
Pada Tarikh 11 Februari 2010, Trigana Air penerbangan 162, berdaftar PK-YRP yang dikendalikan oleh ATR 42-300, terpaksa mendarat di sawah berhampiran Balikpapan setelah kedua-dua enjin gagal dalam penerbangan. Semua 52 penumpang dan anak kapal selamat.
Pada Tarikh 8 April 2012, sebuah pesawat siri Twin Otter DHC-6 yang membawa lapan penumpang dan anak kapal telah melepaskan tembakan ketika mendarat di Lapangan Terbang Mulia di wilayah Papua dalam penerbangan dari Nabire . Kedua juruterbang cedera menyebabkan mereka kehilangan kawalan pada pesawat, yang menuju ke bangunan lapangan terbang. Dari lapan penumpang dan anak kapal yang berada di dalamnya, satu terbunuh dan empat cedera. [14]
Pada Tarikh 16 Ogos 2015, Trigana Air Flight 267, yang berdaftar PK-YRN dikendalikan oleh ATR 42-300, terputus hubungan sebelum jam 3 petang waktu tempatan setelah berlepas dari lapangan terbang Sentani di ibu bandar Papua, Jayapura dalam penerbangan ke Oksibil . Bangkai kapal itu ditemui oleh penduduk kampung di wilayah dataran tinggi Bintang di Oksibil. [15] Kesemua 49 penumpang dan 5 anak kapal terkorban dalam kemalangan itu. [16][17] NTSC mengeluarkan laporan mereka 2 tahun 5 bulan selepas kemalangan dan menyatakan bahawa Kesalahan Juruterbang dan kegagalan sistem amaran jarak dekat. [18]
Pada Tarikh 13 September 2016, pesawat siri Boeing 737-300, pendaftaran PK-YSY yang melakukan menampilkan penerbangan IL-7321, yang mengoperasikan penerbangan dari Lapangan Terbang Sentani di Jayapura, melakukan pendaratan keras di landasan 15 di Lapangan Terbang Wamena, merosakan kedua gear utama. Pesawat meluncur berhenti di landasan, berehat sebahagiannya di rumput. Tiada yang terluka. [19]
